Cellosaurus UPCI-SCC-090 (CVCL_1899)
Cell line name | UPCI-SCC-090 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Synonyms | UPCI-SCC-90; UPCI:SCC090; UPCI:SCC90; UPCI-SCC090; UPCISCC090; SCC090; SCC90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession | CVCL_1899 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Resource Identification Initiative | To cite this cell line use: UPCI-SCC-090 (RRID:CVCL_1899) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comments | Part of: Cancer Dependency Map project (DepMap) (includes Cancer Cell Line Encyclopedia - CCLE). Part of: COSMIC cell lines project. Part of: OPC-22 oral and pharyngeal cancer cell line panel. Population: Caucasian. Virology: Contains from 100 to 500 copies of the HPV16 genome (PubMed=24201445). Doubling time: 2.8 days (PubMed=29156801); ~120-150 hours (DSMZ=ACC-670). Microsatellite instability: Stable (MSS) (Sanger). Transformant: NCBI_TaxID; 333760; Human papillomavirus type 16 (HPV16). Omics: CRISPR phenotypic screen. Omics: Deep exome analysis. Omics: Deep quantitative proteome analysis. Omics: DNA methylation analysis. Omics: Protein expression by reverse-phase protein arrays. Omics: SNP array analysis. Omics: Transcriptome analysis by microarray. Omics: Transcriptome analysis by RNAseq. Derived from site: In situ; Oral cavity, tongue; UBERON=UBERON_0001723. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome ancestry | Source: PubMed=30894373
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Disease | Tongue squamous cell carcinoma (NCIt: C4648) Squamous cell carcinoma of the oral tongue (ORDO: Orphanet_457252) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species of origin | Homo sapiens (Human) (NCBI Taxonomy: 9606) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Originate from same individual | CVCL_C058 ! UPCI-SCC-152 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sex of cell | Male | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Age at sampling | 46Y | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Category | Cancer cell line | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
STR profile | Source(s): ATCC=CRL-3239; Cosmic-CLP=1299052; DepMap=ACH-001227; DSMZ=ACC-670; PubMed=25275298; PubMed=29156801; PubMed=33802339 Markers:
Run an STR similarity search on this cell line | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Publications | PubMed=17112776; DOI=10.1016/j.oraloncology.2006.09.001; PMCID=PMC2025692 PubMed=17848307; DOI=10.1016/j.ijrobp.2007.04.082 PubMed=17681875; DOI=10.1016/j.oraloncology.2007.05.003; PMCID=PMC2362065 PubMed=20215515; DOI=10.1158/0008-5472.CAN-09-3458; PMCID=PMC2881662 PubMed=23419152; DOI=10.1186/gm419; PMCID=PMC3706778 PubMed=24403267; DOI=10.1002/cam4.151; PMCID=PMC3892398 PubMed=24201445; DOI=10.1101/gr.164806.113; PMCID=PMC3912410 PubMed=25275298; DOI=10.18632/oncotarget.2417; PMCID=PMC4253406 PubMed=27397505; DOI=10.1016/j.cell.2016.06.017; PMCID=PMC4967469 PubMed=28236344; DOI=10.1002/hed.24729; PMCID=PMC5392184 PubMed=29156801; DOI=10.18632/oncotarget.21174; PMCID=PMC5689691 PubMed=30894373; DOI=10.1158/0008-5472.CAN-18-2747; PMCID=PMC6445675 PubMed=30971826; DOI=10.1038/s41586-019-1103-9 PubMed=33802339; DOI=10.3390/cancers13051069; PMCID=PMC7959143 PubMed=35839778; DOI=10.1016/j.ccell.2022.06.010; PMCID=PMC9387775 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-references | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cell line collections (Providers) | ATCC; CRL-3239
DSMZ; ACC-670 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cell line databases/resources | Cell_Model_Passport; SIDM00399
Cosmic-CLP; 1299052 DepMap; ACH-001227 DSMZCellDive; ACC-670 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Biological sample resources | BioSample; SAMN03473425 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CRISP screens repositories | BioGRID_ORCS_Cell_line; 1007 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chemistry resources | GDSC; 1299052
PharmacoDB; SCC90_1357_2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Encyclopedic resources | Wikidata; Q54991658 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | ArrayExpress; E-MTAB-3610
GEO; GSM937832 GEO; GSM937833 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Polymorphism and mutation databases | Cosmic; 1122679
Cosmic; 1530750 Cosmic; 2296310 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | PRIDE; PXD030304 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence databases | EGA; EGAS00001000978 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry history | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry creation | 04-Apr-2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last entry update | 02-May-2024 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Version number | 32 |