Cellosaurus Caki-2 (CVCL_0235)
Cell line name | Caki-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Synonyms | CAKI-2; CaKi-2; caki-2; CAKI 2; Caki 2; Caki2; CAKI2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession | CVCL_0235 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Resource Identification Initiative | To cite this cell line use: Caki-2 (RRID:CVCL_0235) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comments | Problematic cell line: Misclassified. Originally thought to be a clear cell renal cell carcinoma but shown to be from a papillary renal cell carcinoma (PubMed=17409424; PubMed=27993170). Part of: Cancer Dependency Map project (DepMap) (includes Cancer Cell Line Encyclopedia - CCLE). Part of: MD Anderson Cell Lines Project. From: Memorial Sloan Kettering Cancer Center; New York; USA. Registration: Memorial Sloan Kettering Cancer Center Office of Technology Development; SK2010-068. Population: Caucasian. Doubling time: ~30-40 hours (DSMZ=ACC-54). Omics: Array-based CGH. Omics: Deep exome analysis. Omics: Deep quantitative proteome analysis. Omics: GPI-anchored proteins analysis by proteomics. Omics: Protein expression by reverse-phase protein arrays. Omics: SNP array analysis. Omics: Transcriptome analysis by microarray. Omics: Transcriptome analysis by RNAseq. Derived from site: In situ; Kidney; UBERON=UBERON_0002113. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HLA typing | Source: PubMed=15585611
Source: PubMed=26589293
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Genome ancestry | Source: PubMed=30894373
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Disease | Papillary renal cell carcinoma (NCIt: C6975) Papillary renal cell carcinoma (ORDO: Orphanet_319298) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species of origin | Homo sapiens (Human) (NCBI Taxonomy: 9606) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sex of cell | Male | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Age at sampling | 69Y | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Category | Cancer cell line | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
STR profile | Source(s): ATCC=HTB-47; CCRID=1101HUM-PUMC000337; CLS=300140; COG; DSMZ=ACC-54; ECACC=93120819; KCLB=30047; PubMed=25877200; Technion Genomics Center Markers:
Run an STR similarity search on this cell line | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Web pages | https://www.mskcc.org/research-advantage/support/technology/tangible-material/caki-2-human-renal-cell-line https://tcpaportal.org/mclp/ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Publications | DOI=10.1007/978-1-4757-1647-4_5 PubMed=327080; DOI=10.1093/jnci/59.1.221 PubMed=833871; DOI=10.1093/jnci/58.2.209 PubMed=571047 PubMed=6244232 PubMed=6935474; DOI=10.1093/jnci/66.2.239 PubMed=7459858 PubMed=6582512; DOI=10.1073/pnas.81.2.568; PMCID=PMC344720 PubMed=3518877; DOI=10.3109/07357908609038260 PubMed=7591954; DOI=10.1111/j.1349-7006.1995.tb03087.x; PMCID=PMC5920923 PubMed=10723130; DOI=10.1038/sj.onc.1203449 PubMed=10929426; DOI=10.1007/s002400000103 PubMed=15585611; DOI=10.1158/1078-0432.CCR-04-0072 PubMed=17409424; DOI=10.1158/0008-5472.CAN-06-4571 PubMed=20215515; DOI=10.1158/0008-5472.CAN-09-3458; PMCID=PMC2881662 PubMed=22185343; DOI=10.1186/1471-2407-11-523; PMCID=PMC3292516 PubMed=22460905; DOI=10.1038/nature11003; PMCID=PMC3320027 PubMed=22949125; DOI=10.1002/ijc.27822 PubMed=25485619; DOI=10.1038/nbt.3080 PubMed=25877200; DOI=10.1038/nature14397 PubMed=26589293; DOI=10.1186/s13073-015-0240-5; PMCID=PMC4653878 PubMed=26972028; DOI=10.1016/j.jprot.2016.03.008 PubMed=27141528; DOI=10.1016/j.dib.2016.04.001; PMCID=PMC4838930 PubMed=27993170; DOI=10.1186/s12943-016-0565-8; PMCID=PMC5168717 PubMed=28196595; DOI=10.1016/j.ccell.2017.01.005; PMCID=PMC5501076 PubMed=28489074; DOI=10.1038/ncomms15165; PMCID=PMC5436135 PubMed=30894373; DOI=10.1158/0008-5472.CAN-18-2747; PMCID=PMC6445675 PubMed=31068700; DOI=10.1038/s41586-019-1186-3; PMCID=PMC6697103 PubMed=31978347; DOI=10.1016/j.cell.2019.12.023; PMCID=PMC7339254 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-references | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cell line collections (Providers) | ATCC; HTB-47
BCRJ; 0408 CLS; 300140 DSMZ; ACC-54 ECACC; 93120819 ICLC; HTL95029 IZSLER; BS TCL 8 KCLB; 30047 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cell line databases/resources | CLO; CLO_0002177
MCCL; MCC:0000124 CLDB; cl625 CLDB; cl626 CLDB; cl627 CLDB; cl629 cancercelllines; CVCL_0235 CCRID; 1101HUM-PUMC000337 Cell_Model_Passport; SIDM01546 DepMap; ACH-000234 DSMZCellDive; ACC-54 IGRhCellID; Caki2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Anatomy/cell type resources | BTO; BTO:0006204 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Biological sample resources | 4DN; 4DNSRDD5W2FZ
BioSample; SAMN01821542 BioSample; SAMN01821619 BioSample; SAMN03471873 BioSample; SAMN10988361 ENCODE; ENCBS074UKQ ENCODE; ENCBS461KDA ENCODE; ENCBS611WID ENCODE; ENCBS768KGZ ENCODE; ENCBS787YGO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CRISP screens repositories | BioGRID_ORCS_Cell_line; 583 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chemistry resources | ChEMBL-Cells; CHEMBL3308071
ChEMBL-Targets; CHEMBL613852 PharmacoDB; Caki2_164_2019 PubChem_Cell_line; CVCL_0235 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Encyclopedic resources | Wikidata; Q54808377 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental variables resources | EFO; EFO_0002150 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | ArrayExpress; E-MTAB-38
ArrayExpress; E-MTAB-2706 ArrayExpress; E-MTAB-2770 GEO; GSM374478 GEO; GSM886903 GEO; GSM887968 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Polymorphism and mutation databases | Cosmic; 687941
Cosmic; 874612 Cosmic; 877458 Cosmic; 979706 Cosmic; 982278 Cosmic; 1152536 Cosmic; 2520633 IARC_TP53; 30022 LiGeA; CCLE_157 Progenetix; CVCL_0235 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | PRIDE; PXD000335
PRIDE; PXD003105 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence databases | EGA; EGAS00001000610 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry history | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry creation | 04-Apr-2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last entry update | 10-Sep-2024 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Version number | 39 |