Cellosaurus SUM52PE (CVCL_3425)
Cell line name | SUM52PE | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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Synonyms | SUM-52PE; SUM 52PE; SUM-52-PE; SUM-52; SUM 52; SUM52; 52PE | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession | CVCL_3425 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Resource Identification Initiative | To cite this cell line use: SUM52PE (RRID:CVCL_3425) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Comments | Group: Triple negative breast cancer (TNBC) cell line. Part of: Cancer Dependency Map project (DepMap) (includes Cancer Cell Line Encyclopedia - CCLE). Part of: JWGray breast cancer cell line panel. Doubling time: 55.21 hours (JWGray panel). Omics: Array-based CGH. Omics: CNV analysis. Omics: Deep exome analysis. Omics: DNA methylation analysis. Omics: miRNA expression profiling. Omics: SNP array analysis. Omics: Transcriptome analysis by microarray. Omics: Transcriptome analysis by RNAseq. Derived from site: Metastatic; Pleural effusion; UBERON=UBERON_0000175. | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence variations |
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HLA typing | Source: PubMed=25960936
Source: PubMed=26589293
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Disease | Breast carcinoma (NCIt: C4872) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Species of origin | Homo sapiens (Human) (NCBI Taxonomy: 9606) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Hierarchy | Children:
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Sex of cell | Female | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Age at sampling | Age unspecified | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Category | Cancer cell line | ||||||||||||||||||||||||||||||||
STR profile | Source(s): DepMap=ACH-001396; PubMed=25877200 Markers:
Run an STR similarity search on this cell line | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Web pages | https://www.cellosaurus.org/pawefish/BreastCellLineDescriptions/SUM52.html http://www.cells-talk.com/index.php/page/copelibrary?key=SUM-52PE https://bioivt.com/sum-breast-cancer-cell-lines/ https://www.synapse.org/#!Synapse:syn2346643/wiki/62255 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Publications | PubMed=10424408; DOI=10.1023/A:1006135331912 PubMed=10604729; DOI=10.1038/sj.bjc.6695007; PMCID=PMC2362964 PubMed=10969801 PubMed=12800145; DOI=10.1002/gcc.10218 PubMed=15677628; DOI=10.1093/carcin/bgi032 PubMed=16397213; DOI=10.1158/0008-5472.CAN-05-2853 PubMed=16541312; DOI=10.1007/s10549-006-9186-z PubMed=17157791; DOI=10.1016/j.ccr.2006.10.008; PMCID=PMC2730521 PubMed=19582160; DOI=10.1371/journal.pone.0006146; PMCID=PMC2702084 PubMed=19593635; DOI=10.1007/s10549-009-0460-8 PubMed=21778573; DOI=10.3233/BD-2010-0307; PMCID=PMC3532890 PubMed=23401782; DOI=10.1155/2013/872743; PMCID=PMC3562669 PubMed=23601657; DOI=10.1186/bcr3415; PMCID=PMC3672661 PubMed=24176112; DOI=10.1186/gb-2013-14-10-r110; PMCID=PMC3937590 PubMed=25960936; DOI=10.4161/21624011.2014.954893; PMCID=PMC4355981 PubMed=25485619; DOI=10.1038/nbt.3080 PubMed=25877200; DOI=10.1038/nature14397 PubMed=26589293; DOI=10.1186/s13073-015-0240-5; PMCID=PMC4653878 PubMed=26759240; DOI=10.1158/0008-5472.CAN-15-2201 PubMed=32715085; DOI=10.1038/s41523-020-0173-z; PMCID=PMC7374090 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-references | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Cell line databases/resources | CLO; CLO_0037189
cancercelllines; CVCL_3425 Cell_Model_Passport; SIDM01422 DepMap; ACH-001396 LINCS_HMS; 51087 LINCS_LDP; LCL-2071 Lonza; 1253 SLKBase; 231 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Anatomy/cell type resources | BTO; BTO:0005390 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Biological sample resources | BioSample; SAMN03472911 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Chemistry resources | PharmacoDB; SUM52PE_1513_2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Encyclopedic resources | Wikidata; Q54970851 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental variables resources | EFO; EFO_0001246 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | ArrayExpress; E-MTAB-2706
ArrayExpress; E-TABM-157 GEO; GSM115109 GEO; GSM217604 GEO; GSM219890 GEO; GSM320178 GEO; GSM350524 GEO; GSM421887 GEO; GSM481330 GEO; GSM847439 GEO; GSM847506 GEO; GSM844711 GEO; GSM844712 GEO; GSM1053739 GEO; GSM1172903 GEO; GSM1172998 GEO; GSM1374912 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Polymorphism and mutation databases | Cosmic; 904387
Cosmic; 1046962 Cosmic; 1176647 Cosmic; 1287897 Cosmic; 1289409 Cosmic; 1460238 IARC_TP53; 24366 Progenetix; CVCL_3425 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence databases | EGA; EGAS00001000610
EGA; EGAS00001002554 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry history | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry creation | 04-Apr-2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Last entry update | 02-May-2024 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Version number | 38 |