Cellosaurus CL-40 (CVCL_1982)
Cell line name | CL-40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Synonyms | CL40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession | CVCL_1982 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Resource Identification Initiative | To cite this cell line use: CL-40 (RRID:CVCL_1982) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comments | Part of: Cancer Dependency Map project (DepMap) (includes Cancer Cell Line Encyclopedia - CCLE). Part of: COSMIC cell lines project. Part of: MD Anderson Cell Lines Project. Population: Caucasian. Virology: Susceptible to infection by SARS coronavirus 2 (SARS-CoV-2) (COVID-19) (PubMed=34339474). Doubling time: ~3-4 days (DSMZ=ACC-535). Microsatellite instability: Stable (MSS) (PubMed=28683746; Sanger). Microsatellite instability: Instable (MSI) (PubMed=25926053). Omics: Deep exome analysis. Omics: Deep quantitative phosphoproteome analysis. Omics: Deep quantitative proteome analysis. Omics: DNA methylation analysis. Omics: Protein expression by reverse-phase protein arrays. Omics: SNP array analysis. Omics: Transcriptome analysis by microarray. Omics: Transcriptome analysis by RNAseq. Derived from site: In situ; Colon; UBERON=UBERON_0001155. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence variations |
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HLA typing | Source: PubMed=26589293
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Genome ancestry | Source: PubMed=30894373
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Disease | Colon adenocarcinoma (NCIt: C4349) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species of origin | Homo sapiens (Human) (NCBI Taxonomy: 9606) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sex of cell | Female | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Age at sampling | Age unspecified | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Category | Cancer cell line | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
STR profile | Source(s): Cosmic-CLP=1240124; DSMZ=ACC-535; PubMed=25877200; PubMed=25926053 Markers:
Run an STR similarity search on this cell line | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Web pages | https://tcpaportal.org/mclp/ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Publications | PubMed=19003396; DOI=10.1023/A:1008131428992; PMCID=PMC3449633 PubMed=22460905; DOI=10.1038/nature11003; PMCID=PMC3320027 PubMed=25485619; DOI=10.1038/nbt.3080 PubMed=25877200; DOI=10.1038/nature14397 PubMed=25926053; DOI=10.1038/ncomms8002 PubMed=26589293; DOI=10.1186/s13073-015-0240-5; PMCID=PMC4653878 PubMed=27397505; DOI=10.1016/j.cell.2016.06.017; PMCID=PMC4967469 PubMed=28196595; DOI=10.1016/j.ccell.2017.01.005; PMCID=PMC5501076 PubMed=28683746; DOI=10.1186/s12943-017-0691-y; PMCID=PMC5498998 PubMed=28854368; DOI=10.1016/j.celrep.2017.08.010; PMCID=PMC5583477 PubMed=30894373; DOI=10.1158/0008-5472.CAN-18-2747; PMCID=PMC6445675 PubMed=31068700; DOI=10.1038/s41586-019-1186-3; PMCID=PMC6697103 PubMed=34339474; DOI=10.1371/journal.pone.0255622; PMCID=PMC8328321 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-references | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cell line collections (Providers) | DSMZ; ACC-535 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cell line databases/resources | CLO; CLO_0009958
cancercelllines; CVCL_1982 Cell_Model_Passport; SIDM00960 ColonAtlas; CL40 Cosmic-CLP; 1240124 DepMap; ACH-000798 DSMZCellDive; ACC-535 LINCS_LDP; LCL-1199 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Biological sample resources | BioSample; SAMN03471322
BioSample; SAMN10988464 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CRISP screens repositories | BioGRID_ORCS_Cell_line; 596 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chemistry resources | GDSC; 1240124
PharmacoDB; CL40_209_2019 PubChem_Cell_line; CVCL_1982 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Encyclopedic resources | Wikidata; Q54813483 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental variables resources | EFO; EFO_0006370 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | ArrayExpress; E-MTAB-2706
ArrayExpress; E-MTAB-2770 ArrayExpress; E-MTAB-3610 GEO; GSM206457 GEO; GSM274775 GEO; GSM274836 GEO; GSM513934 GEO; GSM514186 GEO; GSM886936 GEO; GSM888002 GEO; GSM1448149 GEO; GSM1669681 GEO; GSM2549992 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Polymorphism and mutation databases | IARC_TP53; 28302
LiGeA; CCLE_875 Progenetix; CVCL_1982 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | PRIDE; PXD005235 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence databases | EGA; EGAS00001000610
EGA; EGAS00001000978 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry history | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry creation | 04-Apr-2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last entry update | 02-May-2024 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Version number | 35 |