Cellosaurus M059J (CVCL_0400)
Cell line name | M059J | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Synonyms | Mo 59J; MO59J | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession | CVCL_0400 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Resource Identification Initiative | To cite this cell line use: M059J (RRID:CVCL_0400) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comments | Part of: Cancer Dependency Map project (DepMap) (includes Cancer Cell Line Encyclopedia - CCLE). Part of: COSMIC cell lines project. Part of: ENCODE project common cell types; tier 3. Population: Caucasian. Characteristics: Radiosensitive (PubMed=7494872). Karyotypic information: Has a near pentaploid phenotype. Microsatellite instability: Stable (MSS) (Sanger). Omics: CRISPR phenotypic screen. Omics: Deep exome analysis. Omics: Deep quantitative proteome analysis. Omics: DNA methylation analysis. Omics: SNP array analysis. Omics: Transcriptome analysis by microarray. Omics: Transcriptome analysis by RNAseq. Caution: Was incorrectly stated to have deleterious mutations in ATM in PubMed=12105990. Derived from site: In situ; Brain; UBERON=UBERON_0000955. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence variations |
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HLA typing | Source: PubMed=26589293
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Genome ancestry | Source: PubMed=30894373
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Disease | Glioblastoma (NCIt: C3058) Glioblastoma (ORDO: Orphanet_360) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species of origin | Homo sapiens (Human) (NCBI Taxonomy: 9606) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Originate from same individual | CVCL_0401 ! M059K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sex of cell | Male | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Age at sampling | 33Y | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Category | Cancer cell line | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
STR profile | Source(s): ATCC=CRL-2366; Cosmic-CLP=949094; PubMed=25877200 Markers:
Run an STR similarity search on this cell line | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Web pages | http://genome.ucsc.edu/ENCODE/protocols/cell/human/M059J_Stam_protocol.pdf | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Publications | PubMed=8316628; DOI=10.2307/3578196 PubMed=7494872; DOI=10.2307/3578948 PubMed=10629611; DOI=10.1667/0033-7587(2000)153[0125:COTRMC]2.0.CO;2 PubMed=11023613; DOI=10.1667/0033-7587(2000)154[0473:HTFTMG]2.0.CO;2 PubMed=11418067; DOI=10.1667/0033-7587(2001)156[0002:FMIPTG]2.0.CO;2 PubMed=12105990; DOI=10.1667/0033-7587(2002)158[0195:DOAGMI]2.0.CO;2 PubMed=18757420; DOI=10.1158/0008-5472.CAN-08-0545; PMCID=PMC2528059 PubMed=20164919; DOI=10.1038/nature08768; PMCID=PMC3145113 PubMed=25485619; DOI=10.1038/nbt.3080 PubMed=25877200; DOI=10.1038/nature14397 PubMed=26589293; DOI=10.1186/s13073-015-0240-5; PMCID=PMC4653878 PubMed=27397505; DOI=10.1016/j.cell.2016.06.017; PMCID=PMC4967469 PubMed=30894373; DOI=10.1158/0008-5472.CAN-18-2747; PMCID=PMC6445675 PubMed=30971826; DOI=10.1038/s41586-019-1103-9 PubMed=35839778; DOI=10.1016/j.ccell.2022.06.010; PMCID=PMC9387775 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-references | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cell line collections (Providers) | ATCC; CRL-2366
BCRC; 60382 BCRJ; 0151 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cell line databases/resources | CLO; CLO_0007445
MCCL; MCC:0000294 cancercelllines; CVCL_0400 Cell_Model_Passport; SIDM00659 Cosmic-CLP; 949094 DepMap; ACH-001118 LINCS_LDP; LCL-1356 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Biological sample resources | BioSample; SAMN03471832
BioSample; SAMN03473044 ENCODE; ENCBS062ILC ENCODE; ENCBS235AAA ENCODE; ENCBS304XWS ENCODE; ENCBS370AFW | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chemistry resources | ChEMBL-Cells; CHEMBL3308113
ChEMBL-Targets; CHEMBL1075494 GDSC; 949094 PharmacoDB; M059J_877_2019 PubChem_Cell_line; CVCL_0400 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Encyclopedic resources | Wikidata; Q54903415 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental variables resources | EFO; EFO_0005697 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | ArrayExpress; E-MTAB-783
ArrayExpress; E-MTAB-2706 ArrayExpress; E-MTAB-3610 GEO; GSM326251 GEO; GSM1374640 GEO; GSM1670070 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Polymorphism and mutation databases | Cosmic; 949094
Cosmic; 1746953 Cosmic; 2367537 IARC_TP53; 13244 Progenetix; CVCL_0400 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | PRIDE; PXD030304 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence databases | EGA; EGAS00001000610
EGA; EGAS00001000978 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry history | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry creation | 04-Apr-2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last entry update | 02-May-2024 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Version number | 39 |