Cellosaurus SNU-398 (CVCL_0077)
Cell line name | SNU-398 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Synonyms | SNU398; NCI-SNU-398 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession | CVCL_0077 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Resource Identification Initiative | To cite this cell line use: SNU-398 (RRID:CVCL_0077) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comments | Part of: Cancer Dependency Map project (DepMap) (includes Cancer Cell Line Encyclopedia - CCLE). Part of: COSMIC cell lines project. Part of: Liver Cancer Model Repository (LIMORE). Part of: MD Anderson Cell Lines Project. Part of: Seoul National University (SNU) cell line collection. Population: Korean. Doubling time: 39 hours (PubMed=7543080); 25.49 hours (PubMed=31378681). Karyotypic information: Has lost chromosome Y. Microsatellite instability: Stable (MSS) (Sanger). Transformant: NCBI_TaxID; 10407; Hepatitis B virus (HBV). Omics: Deep exome analysis. Omics: Deep quantitative proteome analysis. Omics: DNA methylation analysis. Omics: Genome sequenced. Omics: miRNA expression profiling. Omics: Protein expression by reverse-phase protein arrays. Omics: SNP array analysis. Omics: Transcriptome analysis by microarray. Omics: Transcriptome analysis by RNAseq. Derived from site: In situ; Liver; UBERON=UBERON_0002107. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence variations |
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HLA typing | Source: PubMed=26589293
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Genome ancestry | Source: PubMed=30894373
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Disease | Adult hepatocellular carcinoma (NCIt: C7956) Adult hepatocellular carcinoma (ORDO: Orphanet_210159) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species of origin | Homo sapiens (Human) (NCBI Taxonomy: 9606) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Hierarchy | Children:
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Sex of cell | Male | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Age at sampling | 42Y | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Category | Cancer cell line | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
STR profile | Source(s): ATCC=CRL-2233; Cosmic-CLP=1240217; KCLB=00398; PubMed=25877200; PubMed=31378681 Markers:
Run an STR similarity search on this cell line | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Web pages | https://lccl.zucmanlab.com/hcc/cellLines/SNU398 https://tcpaportal.org/mclp/ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Publications | PubMed=7543080; DOI=10.1002/ijc.2910620308 PubMed=8824565; DOI=10.1002/(SICI)1097-0215(19960917)67:6<898::AID-IJC22>3.0.CO;2-X PubMed=19956504; DOI=10.4143/crt.2005.37.1.1; PMCID=PMC2785416 PubMed=20215515; DOI=10.1158/0008-5472.CAN-09-3458; PMCID=PMC2881662 PubMed=22460905; DOI=10.1038/nature11003; PMCID=PMC3320027 PubMed=23505090; DOI=10.1002/hep.26402 PubMed=23887712; DOI=10.1038/ncomms3218; PMCID=PMC3731665 PubMed=25485619; DOI=10.1038/nbt.3080 PubMed=25574106; DOI=10.3748/wjg.v21.i1.311; PMCID=PMC4284350 PubMed=25877200; DOI=10.1038/nature14397 PubMed=26589293; DOI=10.1186/s13073-015-0240-5; PMCID=PMC4653878 PubMed=27397505; DOI=10.1016/j.cell.2016.06.017; PMCID=PMC4967469 PubMed=28196595; DOI=10.1016/j.ccell.2017.01.005; PMCID=PMC5501076 PubMed=30894373; DOI=10.1158/0008-5472.CAN-18-2747; PMCID=PMC6445675 PubMed=31063779; DOI=10.1053/j.gastro.2019.05.001 PubMed=31068700; DOI=10.1038/s41586-019-1186-3; PMCID=PMC6697103 PubMed=31378681; DOI=10.1016/j.ccell.2019.07.001; PMCID=PMC7505724 PubMed=35839778; DOI=10.1016/j.ccell.2022.06.010; PMCID=PMC9387775 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-references | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cell line collections (Providers) | ATCC; CRL-2233
KCLB; 00398 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cell line databases/resources | CLO; CLO_0009098
MCCL; MCC:0000435 cancercelllines; CVCL_0077 Cell_Model_Passport; SIDM01181 Cosmic-CLP; 1240217 DepMap; ACH-000221 IGRhCellID; SNU398 LIMORE; SNU398 LINCS_LDP; LCL-1934 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Anatomy/cell type resources | BTO; BTO:0003170 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Biological sample resources | BioSample; SAMN03473191
BioSample; SAMN10987942 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CRISP screens repositories | BioGRID_ORCS_Cell_line; 368 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chemistry resources | ChEMBL-Cells; CHEMBL3307619
ChEMBL-Targets; CHEMBL614454 GDSC; 1240217 PharmacoDB; SNU398_1458_2019 PubChem_Cell_line; CVCL_0077 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Encyclopedic resources | Wikidata; Q54955184 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental variables resources | EFO; EFO_0002347 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | ArrayExpress; E-MTAB-38
ArrayExpress; E-MTAB-2706 ArrayExpress; E-MTAB-2770 ArrayExpress; E-MTAB-3610 GEO; GSM481448 GEO; GSM565922 GEO; GSM827415 GEO; GSM887623 GEO; GSM888708 GEO; GSM936780 GEO; GSM1374890 GEO; GSM1670468 GEO; GSM2551587 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Polymorphism and mutation databases | Cosmic; 873393
Cosmic; 928143 Cosmic; 1187337 Cosmic; 1995640 Cosmic; 2009538 Cosmic; 2023868 Cosmic; 2162531 Cosmic; 2321036 Cosmic; 2771606 IARC_TP53; 6307 LiGeA; CCLE_422 Progenetix; CVCL_0077 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | PRIDE; PXD030304 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence databases | EGA; EGAS00001000610
EGA; EGAS00001000978 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry history | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry creation | 04-Apr-2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last entry update | 02-May-2024 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Version number | 39 |